根据《中央编办关于国家卫生健康委所属事业单位机构编制的批复》(中央编办复字〔2018〕90号)，设立国家卫生健康委科学技术研究所，为国家卫生健康委直属事业单位。主要职责为：
(一)围绕国家人口长期均衡发展和卫生健康事业的战略目标及重点任务，参与相关发展规划、政策的研究和制定。
(二)开展生殖健康的科学调查与监测工作，为相关法律法规、技术规范的制定和评估提供科学依据和政策建议。
(三)组织实施生殖健康相关基础、应用基础与临床研究，开展生育调控和生育力保护等方面的新技术、新方法和新产品研制、开发与转化。
(四)承担育龄人群生育风险监测评估、避孕方法和药具的长期安全性监测评估工作，开展信息收集整理与分析研究，提出风险防控对策与政策建议。
(五)开展生殖健康产品质量检测与安全评价技术研发，参与相关标准制订;承担质量安全评价，组织适宜技术和新技术的引入、评价与推广，开展健康教育和健康促进工作。
(六)开展人类遗传资源的调查收集、整理保藏、研究开发，承担国家人类遗传资源库管理运行，承担全国共享网络信息中心建设运营，为全社会创新提供平台工具服务。
(七)承担国家公共脐带血造血干细胞库的研究开发与管理运行，承担公共库信息共享系统建设运行。
(八)开展生殖健康技术指导与生殖医学临床服务，开展生殖健康领域的国际交流与合作。
(九)承办国家卫生健康委交办的其他事项。