根据《中央编办关于国家卫生健康委所属事业单位机构编制的批复》(中央编办复字〔2018〕90号)，设立中日友好医院(中日友好临床医学研究所)，为国家卫生健康委直属事业单位。主要职责为：
(一)贯彻执行党和国家医疗卫生方针政策，坚持公益性，保障人民身体健康，推动卫生事业健康发展。
(二)履行公共服务职能，为人民群众提供基本医疗、疾病预防控制、健康教育等医疗和公共卫生服务。
(三)承担突发公共事件的医疗卫生应急救援，支边、扶贫、对口支援基层医疗卫生机构等工作任务。
(四)承担院校教育、毕业后教育、继续医学教育等教育教学工作，促进医学人才能力和水平的提升。
(五)开展临床医学和基础医学研究，推动医学科研成果转化。
(六)承担干部医疗保健工作和重要医疗保障任务。
(七)贯彻落实中医发展政策，推进中医药的继承与创新工作。
(八)承担国家紧急医学救援队建设和国家卫生健康委远程医疗管理与培训中心的体系建设和业务推广工作。
(九)承办国家卫生健康委交办的其他事项。