根据《中央编办关于国家卫生健康委所属事业单位机构编制的批复》(中央编办复字〔2018〕90号)，设立中国医学科学院北京协和医院(中国医学科学院临床医学研究所)，为国家卫生健康委直属事业单位。主要职责为：
(一)贯彻执行党和国家医疗卫生方针政策，坚持公益性，保障人民身体健康，推动卫生事业健康发展。
(二)履行公共服务职能，为人民群众提供基本医疗、疾病预防控制、健康教育等医疗和公共卫生服务。
(三)承担突发公共事件的紧急医学救援，及支边、扶贫、对口支援基层医疗卫生机构等工作任务。
(四)承担院校教育、毕业后教育、继续医学教育等教育教学工作，促进医学人才的能力和水平提升。
(五)开展临床医学和基础医学研究，推动医学科研成果转化。
(六)承担干部医疗保健工作和重要医疗保障任务。
(七)承办国家卫生健康委交办的其他事项。