根据《中央编办关于国家卫生健康委所属事业单位机构编制的批复》(中央编办复字〔2018〕90号)，设立国家卫生健康委统计信息中心，为国家卫生健康委直属事业单位。主要职责为：
(一)拟订和推动实施全国卫生健康统计信息规划工作;组织编制全国卫生健康统计信息技术规范;承担卫生健康信息化项目工程建设，对各地卫生健康统计信息工作提供技术指导和咨询服务。
(二)开展卫生健康统计信息理论研究;承担拟订全国卫生健康部门统计调查制度、指标体系和指标口径;组织开展数据质量检查;承担统计调查数据备案工作;协助开展统计信息专业技术能力建设。
(三)承担全国卫生健康综合统计、国家卫生服务调查、专项调查评估，审核业务统计数据;负责统计信息系统建设运行工作;起草全国卫生健康事业发展统计公报;承担卫生健康统计信息发布和统计数据具体管理应用工作。
(四)承担国家医疗健康数据中心、数据交换枢纽建设运行，承担卫生健康系统信息安全与保密技术指导;承担国家卫生健康委机关电子政务建设与技术服务，承担国家卫生健康委官方网站信息系统的运行维护与管理。
(五)组织拟订国家卫生信息标准体系规划，组织开展信息标准开发、应用推广与测评工作;组织开展卫生行业信息技术应用及信息系统产品评估、检测、安全测试和推广工作。
(六)拟订居民健康卡建设规划，组织拟定相关标准规范;负责国家居民健康卡注册管理中心建设与管理，协助跨区域、跨系统应用。
(七)承担国家药品供应保障综合管理信息系统建设和运行，组织开展相关监测评估工作。
(八)组织开展卫生健康统计信息国际交流;承担世界卫生组织卫生信息与信息学合作中心和中国卫生信息与健康医疗大数据学会秘书处日常工作。
(九)承办国家卫生健康委交办的其他事项。