根据《中央编办关于国家卫生健康委所属事业单位机构编制的批复》(中央编办复字〔2018〕90号)，设立中国疾病预防控制中心，为国家卫生健康委直属事业单位。主要职责为：
(一)开展疾病预防控制、突发公共卫生事件应急、环境与职业健康、营养健康、老龄健康、妇幼健康、放射卫生和学校卫生等工作，为国家制定公共卫生法律法规、政策、规划、项目等提供技术支撑和咨询建议。
(二)组织制定国家公共卫生技术方案和指南，承担公共卫生相关卫生标准综合管理工作;承担实验室生物安全指导和爱国卫生运动技术支撑工作;承担《烟草控制框架公约》履约技术支撑工作;开展健康教育、健康科普和健康促进工作。
(三)开展传染病、慢性病、职业病、地方病、突发公共卫生事件和疑似预防接种异常反应监测及国民健康状况监测与评价，开展重大公共卫生问题的调查与危害风险评估;研究制定重大公共卫生问题的干预措施和国家免疫规划并组织实施。承担疾控信息系统建设、管理及大数据应用服务技术支持。
(四)参与国家公共卫生应急准备和应对，组织制定食品安全事故流行病学调查和卫生处理相关技术规范。指导地方突发公共卫生事件调查、处置和应急能力建设以及食品安全事故流行病学调查。承担新涉水产品、新消毒产品的技术评审工作。
(五)开展疾病预防控制、突发公共卫生事件应急、公众健康关键科学研究和技术开发，推广疾病预防控制新理论、新技术、新方法，推进公共卫生科技创新发展。
(六)开展公共卫生专业领域的研究生教育、继续教育和相关专业技术培训。
(七)指导地方实施国家疾病预防控制规划和项目，开展对地方疾病预防控制机构的业务指导，参与专业技术考核和评价相关工作。
(八)开展全球公共卫生活动和公共卫生领域的国际交流与合作，执行有关国际援助任务。
(九)承办国家卫生健康委交办的其他事项。