根据《中央编办关于国家卫生健康委所属事业单位机构编制的批复》（中央编办复字〔2018〕90号），设立中国医学科学院 北京协和医学院，为国家卫生健康委直属事业单位。主要职责为：
（一）开展高水平医学科学技术研究，组织开展医学科技创新基础性工作，推进科技成果转化和健康科学普及。
（二）协助开展全国医学科技创新业务指导、技术管理和保障服务，承担国家卫生健康委重点实验室日常管理工作，建设中国医学科学创新体系的核心基地。
（三）贯彻党的教育方针，承担高层次医学人才培养任务，开展医学相关专业继续教育、培训与学术交流，建设世界一流的医学院校和世界一流的医学学科。
（四）指导所属医疗机构医疗服务与质量管理、干部保健与医疗保障，承担医药卫生体制改革任务。
（五）指导所属单位承担重大疾病防治以及突发公共卫生事件应急支撑与救援等任务，组织开展相关防治产品的研制并推动产业化。
（六）贯彻落实国家卫生健康产业政策，组织开展院校重大产业项目实施和院校特色产业群建设，对所属事业单位对外投资及国有股权进行监督管理。
（七）组织建设国家医学高水平智库，为政府有关部门和机构提供信息咨询、政策论证与决策咨询服务。
（八）出版发行院校主办的学术期刊杂志，组织开展医学相关领域的国际国内交流与合作。
（九）承办国家卫生健康委交办的其他事项。