ISO的主要机构有：全体大会、理事会、技术管理局和中央秘书处。
全体大会是ISO最高权力机构，为非常设机构。ISO所有成员体、通信成员、注册成员以及与ISO有联络关系的国际组织均可派代表与会，但只有成员体有表决权。
理事会是ISO大会闭会期间的常设管理机构。主要任务是：讨论决定ISO工作中的重大问题;任命司库、秘书长、政策制定委员会主席;选举技术管理局(TMB)成员，并确定其职权范围;审查通过ISO中央秘书处财务预决算。
理事会下设政策制定委员会、理事会常设委员会和特别咨询委员会。
政策制定委员会有：合格评定委员会、消费者政策委员会和发展中国家事务委员会。
理事会常设委员会有：财务委员会、战略委员会。
特别咨询委员会由对国际标准化非常感兴趣的其他组织的执行官组成。
技术管理局(TMB)是ISO技术工作的最高管理和协调机构。它的专门机构有：标准物质委员会、技术咨询组和技术委员会。
中央秘书处负责ISO的日常事务，编辑出版ISO标准及各种出版物，代表ISO与其他国际组织联系。