根据《中央编办关于国家卫生健康委所属事业单位机构编制的批复》(中央编办复字〔2018〕90号)，设立国家卫生健康委流动人口服务中心，为国家卫生健康委直属事业单位。主要职责为：
(一)开展流动人口卫生健康政策研究和服务，承担以流动人口为重点的职业健康管理与促进、流动人口社会融合评估等。参与组织人口相关监测调查，承担数据管理工作。
(二)承担卫生健康技术推广服务体系的建设和管理，推动卫生健康技术推广应用相关政策的落实。
(三)实施卫生健康技术推广应用项目，开展项目实施的监测和评估。
(四)开展卫生健康技术信息和知识产权等技术服务，建设和管理国家卫生健康技术推广应用信息服务平台。
(五)研究提出婴幼儿照护服务机构设置标准和管理规范建议，承担研发应用婴幼儿照护服务信息管理系统等工作。参与开展婴幼儿照护服务示范活动。协助推进母婴设施建设，探索开展母婴设施服务能力评价工作。
(六)承担流动人口享受家庭医生签约服务、基本医疗服务、基本公共卫生服务均等化的监测和评估工作。
(七)开展流动人口研究服务、卫生健康技术推广应用和家庭发展服务等方面的国际合作与交流。
(八)承办国家卫生健康委交办的其他事项。