根据《中央编办关于国家卫生健康委所属事业单位机构编制的批复》(中央编办复字〔2018〕90号)，设立国家卫生健康委医院管理研究所，为国家卫生健康委直属事业单位。主要职责为：
(一)组织开展医疗服务体系规划、医疗资源、医疗卫生专业队伍发展相关的政策研究，为卫生健康行政部门起草医疗相关的法律法规草案、制定部门规章和技术规范提供技术咨询和政策建议。
(二)组织开展医院管理理论与实践研究，协助制定医疗管理方针、政策和行业规范，为医疗机构培养医院管理和业务技术人才，为卫生健康行政部门和医疗机构提供智力支持。
(三)组织开展医疗服务政策、质量、安全、效果等研究，提供医疗质量管理评价研究和咨询服务。
(四)受托承担医疗相关卫生标准专业委员会秘书处工作。
(五)组织开展医疗信息化相关技术规范和标准等研究，开展医疗信息数据收集和分析工作，为卫生健康行政部门、医疗机构等单位提供信息专业服务。
(六)组织开展医德医风相关理论与实践研究，协助制定卫生健康行风建设方面政策和管理规范。
(七)提供医院管理和业务技术人才培养等专业服务。
(八)组织开展医院管理和业务技术人才的国内外合作与交流，编辑出版医院管理方面的学术期刊、出版物。
(九)承办国家卫生健康委交办的其他事项。