根据《中央编办关于国家卫生健康委所属事业单位机构编制的批复》(中央编办复字〔2018〕90号)，设立国家卫生健康委项目资金监管服务中心，为国家卫生健康委直属事业单位。主要职责为：
(一)承担卫生健康项目前期设计论证和项目需求评估工作。
(二)承担卫生健康项目资金监管和预算绩效评价工作。
(三)承担国际卫生健康项目的设计和实施管理。
(四)承担卫生健康项目资金监管和绩效评价信息化建设，提供技术支持。
(五)承担相关领域人员培训，指导地方加强监管和预算绩效评价能力建设。
(六)承担国家卫生健康委本级会计核算工作。
(七)承担国家卫生健康委委托的内部审计工作。
(八)承办国家卫生健康委交办的其他事项。